山羊奶中链脂肪酸含量高,是牛奶的两倍。其中三种主要中链脂肪酸C6,C8和C10甚至是以山羊(Caprine,山羊的拉丁语拼写)命名的,分别是Caproic,Caprylic和Capric,在山羊奶中占总脂肪酸的15%,而牛奶只有5%。
虽然牛奶和山羊奶各自脂肪球的直径大小有不同,但是,平均来说,山羊奶脂肪球的直径要比牛奶小得多。一般上,山羊奶脂肪球的直径为2-2.5微米,而牛奶是3-4.25微米。换句话说,山羊奶脂肪球的体积只是牛奶的三分之一。
山羊奶形成的凝乳硬度小、易碎蛋白质在人体内的消化过程是先在胃酸作用下形成凝乳,然后被分解消化为氨基酸,之后在小肠被吸收。凝乳块的软硬度直接影响蛋白质被消化的速度和效率。
山羊奶中主要的蛋白质是β-酪蛋白,与牛奶中主要的蛋白质α-S1酪蛋白有结构上的区别。山羊奶β-酪蛋白在胃中形成的凝乳块已被证明比牛奶要软和易碎。