圣何塞拥有一个绵密的高速公路网,其中包含三条州际高速公路:I-280、I-880、和I-680,与多条其他美国公路和加州公路:US 101、CA-85、CA-87、CA-17、和CA-237。但是圣何塞却是美国无“双位数”主要州际高速公路直接服务的最大城市。另外,圣何塞的公路网里也包含数条圣塔克拉拉县快速道路系统里的快速道路,如阿玛登快速道路、圣杜马斯快速道路、和劳伦斯快速道路。在铁路运输方面,圣何塞是美国国铁(Amtrak)来往沙加缅度与圣何塞之间的首府通道(Capitol Corridor)城际列车、和来往西雅图与洛杉矶之间的海岸星光(Coast Starlight)长途列车的主要停靠站之一,也是来往旧金山与吉尔罗伊之间的加州铁路(Caltrain)和来往普莱森顿和圣何塞之间的阿特蒙通勤特快(Altamont Commuter Express, ACE)通勤列车的主要停靠站。
圣何塞的航空服务主要由距离市中心北方2英里(3公里)的圣何塞国际机场提供,不过圣何塞居民也使用北方35英里,做为整个旧金山湾区的国际和长途班机枢纽的旧金山国际机场、和廉价航空航班较多的奥克兰国际机场来飞往其他城市。美国航空、西南航空、联合航空、捷蓝航空、全美航空、阿拉斯加航空、大陆航空、达美航空、夏威夷航空、边疆航空、和墨西哥航空是几家于圣何塞国际机场提供航班的主要航空公司。
2015年6月16日,圣何塞当地时间15日11:30,海南航空HU7989航班首航飞抵诺曼•米内塔圣何塞国际机场,标志着海航北京=圣何塞航线成功首航。海南航空北京=圣何塞航线每周一、三、五、六、七各一班,由海航波音787梦想飞机执飞。海航开通北京=圣何塞航线为中美两国科技、商务交流互通搭建了一条空中桥梁,无论是从硅谷前往中国寻求商机,或是从中国到硅谷来取经创业,海南航空无疑是最便捷、舒适的航空选择。此次首航专门邀请了一些国内的互联网创业代表跟随我们的航班前来参观考察,对于怀有创业梦想的中国创业者来说,海航直飞航线的开通让科技圣地硅谷仿佛近在咫尺。