在龋齿的发生和发展过程中，细菌在龋病发病中起着主导作用，致龋的细菌种类很多，近年来国际口腔学界公认其中最主要的致龋病菌是变形链球菌和乳酸杆菌。这些细菌容易与唾液中的粘蛋白和食物残屑混合在一起，并牢固地粘附在牙齿表面和窝沟中，这种粘合物就叫作牙菌斑或菌斑（dental plaque）。菌斑中的大量细菌产酸，会造成菌斑下面的牙齿釉质表面脱钙、溶解，临床调查证明，口腔中菌斑较多的儿童，龋齿也多，有直接因果关系。

在龋齿形成过程中，饮食是细菌滋生的重要作用中介。由于多数食物中含有大量的碳水化合物和糖，这些物质成为供给菌斑中细菌生存和繁殖的能量，同时通过细菌的代谢作用使口腔中的糖酵解，产生大量有机酸，这种有机酸如果长期滞留在牙齿表面和窝沟中，致使釉质脱矿遭到破坏，失去釉质保护的牙表面，被某些细菌促使蛋白质溶解，进而形成龋洞。可致龋的糖类很多，研究发现最主要的威胁来自蔗糖。

牙齿发育时期，营养决定牙齿组织的生化结构，钙化良好的牙齿抗龋性高。如果食物中含有的矿物盐类、主要维生素和微量元素，如钙、磷、维生素B1、D和氟等不足，牙齿的抗龋性就低，造成龋齿发病的条件。乳牙在胎儿期即已发生、发育和钙化，母新乳期的营养，对胎儿乳牙的发育虽然没有决定性影响，但加强母体营养仍对乳牙钙化有利的。除非母体患严重代谢障碍病或遗传病，一般乳牙不易受到严重影响。

牙齿的形态、结构和位置也与龋齿发病有着明显的关系。牙齿咬面的窝沟，是儿童牙齿发育过程中不可避免的生理缺陷，较深窝沟内容易滞留细菌和食物残屑，而且不易清除掉，从而容易诱发龋齿；另一方面，牙齿发育阶段如果矿化不足，特别是由于钙化不足的牙齿，釉质及牙本质的致密度不高，会导致抗龋性低，较容易患龋齿；氟在牙齿矿化结构中的含量虽然很微少，但根据研究发现对增强牙齿的抗龋性也很重要，牙齿发育过程中如果能令牙齿自然吸收含有适量的氟，较不易发生龋齿。由于乳牙和年轻恒牙的结构和钙化程度均不够成熟，通常很容易受致龋因素的影响，因而患龋率高。

唾液是牙齿的直接外部环境，直接起着缓冲、洗涤、抗菌或抑菌等重要作用。分泌多而稀的唾液，可以有效洗涤牙齿表面，减少细菌和食物残屑堆积程度；分泌量少而稠的唾液则易于导致细菌及食物残屑滞留牙表，从而助长菌斑形成并长期粘附在牙齿表面上。由此可见，唾液分泌的性质和成分，不仅影响牙齿咀嚼时的缓冲作用，最重要的同时也影响口腔有害细菌的生活条件，因此，作为影响龋齿形成的唯一可变因素，从如何改善唾液分泌入手，成为了防治龋齿的关键及唯一途径。