黄石公园因位于黄石河的源头而得名。18世纪末，一群法裔加拿大的捕猎人将这条河命名为“Roche Jaune”（法语，意为“黄色的岩石”）。之后，美国的捕猎人又将之翻译为英语“Yellow Stone”。尽管美洲原住民的命名来源至今仍然没有定论，人们还是普遍认为这是因为黄石大峡谷（英语：Grand Canyon of the Yellowstone）的黄色石头。
1872年的3月1日，根据美国国会法案所述：“为了人民的利益，黄石公园被批准成为公众的公园及娱乐场所”，同时也是“为了使它所有的树木，矿石的沉淀物，自然的奇观和风景，以及其它景物都保持现有的自然状态而免于被破坏。”当时的总统尤利塞斯·格兰特(Ulysses S．Grant）在提案上签了字。至此，世界上第一个“国家公园”就这样诞生了。
黄石国家公园于1976年10月26日被指定为国际生物圈保护区，1978年9月8日被联合国教育科学文化组织指定为世界遗产。2010年6月1日，黄石国家公园成为了第二个美国美丽国家公园25美分纪念币上的国家公园（第一个是阿肯色州的温泉国家公园）。
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