对于多达20%的学生修读的课程，学校可以自行确定学费。

不过，这个提议遭到了将从这项政策中获益最多的澳洲八大名校（Go8）以及高校技术与区域网络的拒绝。

包括悉尼大学和摩尔本大学在内的八大名校是艾伯特政府全面解除学费管制计划的最强大的支持者。

在提交给政府关于高等教育改革的文件中，八大名校表示，旗舰课程会给高等教育增加“显著的复杂性”，不可能解决大学的资金问题。

该团体称，“这样一个提议存在风险，可能扭曲对学校的激励措施，在不同大学之间和大学内部，使得旗舰课程和其他课程之间形成的双层大学教育体系根深蒂固。”

该团体表示，尚不清楚的是旗舰课程将如何鼓励更多原住民学生、偏远地区学生和来自社会底层经济背景的学生就读大学。

代表皇家墨尔本理工大学、悉尼科技大学和其他大学的澳洲科技大学联盟（ATNU）称，旗舰课程会带来“有害的后果”。

ATN警告说，“这个拟议的模型可能导致现有的学位贬值，并且创造出一个两级的大学制度。”

“这可能会看到公平的天平向那些有能力支付自诩为‘名校’的机构提供的某种‘著名课程’的人倾斜，而其他高校同类产品在人们心目中的价值将相应地减少。”

该团体警告称，弱势学生可能被排除在高等教育之外。

乡镇地区高校联盟（Regional Universities Network）认为，旗舰课程可能对一些精英学校有利，但对乡镇大学的价值不大。

ATN相应地提出了自己的改革建议，那就是把各大学今后的学费增长和入学人数增长同业绩目标挂钩。

只有那些毕业生就业竞争力强，就业率高的大学，才能够提高他们的学费或者入学人数。

该团体建议以此来作为解决入学人数激增的措施，这已经导致教育成本高出预算数十亿元。