虽然试管婴儿的成功率在逐年提高，但仍有失败的案例，有不少患者都是在试管移植时遭受了失败。为什么植入的胚胎不能着床成功？胚胎着床失败的原因可归纳下列几种：
子宫内膜接纳胚胎的能力下降：
（1）子宫构造异常：如：子宫先天性发育畸形（双角子宫、子宫纵膈）、子宫内膜息肉、子宫内膜炎和子宫腔内肌瘤。
子宫肌瘤如果长在子宫肌层，离子宫腔一公分以上，并且肌瘤大小不超过5公分则不会影响试管婴儿助孕的怀孕率。
（2）子宫内膜薄：曾经因为流产做过子宫搔刮术、月经不正常（持续月经来潮）或者血液循环不好，都会造成子宫内膜薄。
（3）子宫腔持续积水：输卵管水肿及不通会造成子宫腔积水，持续性的子宫腔积水会造成胚胎着床失败。
（4）子宫内膜分泌的黏性蛋白的品质不好或是量不足或是子宫腔内某种细胞素的量太少或者太多，都会影响胚胎的着床成功与否。
（5）有自体免疫疾病或有偶血栓形成体质和习惯性流产有关是不争的事实，但和胚胎重复着床失败是否有关联，目前还没定论。
2、植入子宫的胚胎自身有缺陷：
（1） 夫妻染色体有异常会影响胚胎的发育，使胚胎长到某一阶段即会停止生长。
妻子患有染色体异常，或者丈夫有些精子稀少、活动力不好(少精、弱精)的患者这类夫妻做试管婴儿通常有较高的失败率（因为精子染色体异常率比较高的原因）。做胚胎移植的女性年龄越大，胚胎不正常的几率也越大。因此，在这之前采用第三代试管婴儿PGS技术进行染色体筛查，确保宝宝染色体正常，提高妊娠率。
（2）包围卵子的透明带，在卵子受精前和胚胎孵化着床前是用来保护卵子和胚胎。如果胚胎在体外培养过久，透明带会变厚及变硬；
年纪大的妇女所排出的卵子及透明带也比较厚。透明带太厚或者太硬有可能会引起胚胎着床失败。
3、促排卵药物反应差
女性需要在初期接受促排。由于每个人的身体状况都不一样，所同种药物的反应状况也会有所不同。这一阶段一旦出现药物反应差，卵巢不能顺利产生足够数量成熟的卵子，就无法进行下一步了。
4、移植前身体状况不好
宫腔环境不符合移植，感冒，卵巢刺激综合征，腹胀、腹痛、积水等。
5、移植后是否有注意
胚胎移植之后，需卧床休息。避免剧烈的运动，不要做重的体力活，避免过度劳累、熬夜等。饮食上，不可吃凉性的东西，多补充蛋白质，少量多餐。
6、不良的情绪影响
女性的生殖系统受大脑皮层的影响和调控，精神紧张、压力过大都会导致到内分泌的失调，甚至是抑制卵巢正常功能，造成子宫肌肉收缩紊乱。从而影响到试管的成功率。
当然，试管婴儿移植失败的原因并不是只有以上描述的症状。关键的地方在于试管婴儿失败后，努力找出可能导致胚胎着床失败的原因，并在术前加以治疗，使不孕夫妇在下次做试管婴儿助孕时增加怀孕的机会。
尤其是超过2次试管失败的夫妻，最后采用第三代试管婴儿PGS/PGD技术，在胚胎移植前进行染色体筛查和基因诊断，提高成功率，保障宝宝健康。
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