在世界卫生组织（WHO）发布的世界医疗体系排行榜中，马耳他位列第5，排名较美国（37）、澳大利亚（32）、英国（18）、加拿大（30）更高。

据世界卫生组织统计，2012年马耳他全国医疗总支出占GDP的8.7%，按照购买力平价计算，人均医疗健康支出2444美元。2006-2013年间，平均每万人约拥有医生35人、护理及助产人员71人、牙医5人、药师12人、床位48张。

马耳他最早提供医疗服务的医院可以追溯到1372年，16世纪医院骑士团的领先技术流传至今，历史悠久，具有覆盖面广、层层递进的特点。有由政府提供医疗保健服务的公立医疗系统，也有由私人投资设立的私立医疗保健系统。

马耳他拥有强大的全科家庭医生队伍，为所有国民提供初级医疗保健服务。公立医院主要对由家庭医生转介的病人提供二级和三级的医疗护理。除此之外，马耳他还拥有众多的医疗卫生志愿组织，如阿尔法医学会（高级护理）、紧急消防及救援单位（EFRU）、圣约翰救伤队及红十字会等，为马耳他居民提供急救及护理服务。

马耳他最大的公立医院——圣母医院（MaterDei）,同时也是欧洲最大的医疗建筑之一。

它于2007年正式运营，建筑面积25万平方米，总投资5.8亿欧元。医院拥有825张病床、3000多名员工。该院设计理念先进、功能齐全、设施一流，是地中海欧盟地区规模最大、现代化程度最高的一所综合性医院。2008年中医诊所落户马耳他国立圣母医院，并于26日在此举行“中医诊所揭幕仪式”。

马耳他著名肿瘤医院——保罗博法医院、以及欧洲著名长者护理医院——圣文森特德保罗医院都享誉世界。

马耳他医疗系统与英国类似，实行免费公立医疗制度。居民每年缴纳200欧元左右的医疗保险，可在各大公立医院免费享受绝大多数医疗服务。马耳他不仅拥有着如此优惠的医疗政策，还能在保证医疗质量的同时，有效地避免看病难、看病贵等问题。

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