深海鱼油含有奥米加3脂肪酸。人体必需脂肪酸可形成磷脂质，存在于细胞膜。物质进出细胞的重责 ，由细胞膜所掌控。细胞膜的完整性和流动性，取决身体可运用的磷脂质,若磷脂质主要由多元不饱和脂肪酸组成 ，细胞膜会有更佳的流动性，功能比由饱和脂肪酸或反式脂肪酸组成的细胞膜更好。功能正常的细胞膜可保存重要的营养素和电解质，跟其他细胞沟通以及对荷尔蒙的反应会更敏感。

奥米加3脂肪酸亦可形成前列腺素（Prostaglandins）和白三烯素等物质。前列腺素和白三烯素对免疫?功能、平滑肌功能、血小板凝结和发炎反应都有重要作用。鱼油有抗发炎作用，是因为由奥米加3脂肪酸所形成的前列腺素和白三烯素，比起其他脂肪酸所组成的前列腺素和白三烯素，所引发的发炎反应比较轻微。

深海鱼油亦有助舒缓类风湿性关节炎的症状，因为奥米加3脂肪酸可抑制发炎物质分泌。
深海鱼油可抑制肝脏制造三酸甘油脂，有助减低血脂（三酸甘油脂）水平，改善心血管健康。