老布什总统于11月30日去世，享年94岁。在国葬上，二战期间布什作为海军飞行员的英勇作战事迹屡屡被提及，尤其是他被日军炮火击落后死里逃生的往事，再次引起人们的关注。

1941年12月7日珍珠港事件发生，美国随之对日宣战，太平洋战争爆发。当时年仅17岁的布什正在著名的私立高中菲利普斯学院（Phillips Academy）学习，这是一所美国最知名的私立高中，传统上毕业生多进入耶鲁大学学习。布什得知日本偷袭珍珠港的消息后，立志参军成为海军飞行员，半年后高中毕业，布什在18岁生日那一天报名加入了海军。他先在北卡罗来纳大学教堂山校区（University of North Carolina at Chapel Hill）参加飞行前训练，在完成为期10个月的课程后，他在19岁生日前三天的1943年6月9日被委任为海军预备役少尉军官，使他成为最年轻的海军飞行员之一。

此后，布什又经过了实际飞行训练，于1943年9月被分配到VT-51鱼雷轰炸机中队（Torpedo Squadron, VT-51）。作为第51航空大队（Air Group 51）的一部分，VT-51鱼雷轰炸机中队于1944年春天被分派到圣哈辛托号轻型航空母舰（USS San Jacinto CVL-30））执行任务。

圣哈辛托航母在太平洋战争中参加了多次对日军的作战行动，包括1944年5月份马库斯与威克群岛（Marcus and Wake Islands）战役、6月份的马里亚纳群岛战役，这是当时最大规模的空战之一。在6月19日的行动中，布什所驾驶的飞机在完成任务返回途中出现故障，被迫降落水上，机组成员被驱逐舰克拉伦斯·布朗森号（USS Clarence K. Bronson）救出，但飞机沉没。

布什于8月1日晋升为中尉后不久，圣哈辛托航母参加了小笠原群岛（Bonin Islands）战役。 1944年9月2日，布什驾机轰炸了小笠原群岛中的最大岛屿父岛（ChiChi- Jima）的日军阵地，机组连他一共有4人。布什驾驶的飞机与其它3架同时执行轰炸任务的飞机遇到了日军强烈的防空炮火攻击，布什的飞机被击中，引擎起火。布什在完成投弹任务后，飞离父岛不过几英里就被迫弃机逃生，与布什一起跳出机舱的还有另一名机组人员，其他两人牺牲，但迄今不知另外一名逃生者是谁。布什在海上漂浮了四个多小时，其间有几架美军战机一直在头顶上保护性地盘旋，直到他被潜艇长须鲸号（USS Finback）救获。被救后，布什继续留在长须鲸号参与救援其他飞行员的行动。

在1944年9月对父岛的作战行动中，共有8名美军飞行员在飞机被击落跳生后被日军俘虏，布什侥幸被救出，后来成为第41任总统。据战后调查显示，被俘美军遭到日军的虐待、暴打及被砍头处死，并有美国作者表示经过调查，有美军死后被日军掏肝割肉当作食物，史称“父岛事件”。

1944年11月布什回到圣哈辛托航母，并参加了菲律宾战役。此后圣哈辛托航母回到关岛，而布什所在的轰炸机中队因为失去了半数的飞行员，被调回美国本土。布什在太平洋战争期间参加了58次作战行动，获得杰出飞行十字勋章（Distinguished Flying Cross）及多项其它勋章奖励。

由于布什积累了宝贵的战斗经验，回到美国后被分配到诺福克（Norfolk）海军基地，训练鱼雷轰炸机飞行学员；后来他又被任命为新的鱼雷轰炸机中队VT-153的飞行员。日本投降后，布什于1945年9月退役，随后进入耶鲁大学学习并获得经济学本科学位。